鉴于北京大学人口所自然科学和社会科学交叉学科团队的优异表现和贡献，世界卫生组织经过严格评估，再次认定北京大学人口研究所作为“世界卫生组织生殖健康和人口科学合作研究中心”。从2013年6月26日开始继续开展下一周期开展合作。此前，为表彰郑晓瑛教授在人口健康交叉学科研究领域做出的卓越成绩， WHO生殖健康研究部和UNDP-UNFPA-WHO-World Bank人类生殖特别规划署特别颁发给郑晓瑛教授生殖健康突出贡献奖。
目前全球有800多所中心与世界卫生组织在生殖健康、传染病、慢性病、精神卫生、营养和卫生技术等领域合作开展工作，北大人口研究所是惟一与世界卫生组织开展人口科学合作研究的中心。
世界卫生组织合作中心是世界卫生组织建立的机构间合作网络的重要组成部分，由世界卫生组织总干事认定，负责支持世界卫生组织在国家、国家间、区域、区域间和全球各级的规划，并遵照世界卫生组织技术合作的政策和战略，在信息、服务、研究与培训方面，支持国家卫生发展。只有具备能力履行一项或多项职能的机构才有资格被认定为世界卫生组织合作中心，认定期限一般为四年。世界卫生组织不断提高对合作中心的要求，根据其需求和政策变化对合作中心工作领域的持续相关性和任期内业绩全面评估后决定是否再次认定。
北大人口研究所与世界卫生组织以及世界卫生组织、联合国开发计划署、联合国人口基金和世界银行联合支持的人类生殖特别规划署（HRP/WHO-UNDP-UNFPA-World Bank）在生殖发育、残疾预防、人口老龄化、青少年生殖健康、性别和健康公平等研究领域密切合作，推进了中国和世界人口健康的交叉科学研究。
为了进一步发挥北大人口所在人口健康交叉科学领域的引领作用，2009年世界卫生组织生殖健康研究部主任亲临北大成立了“北京大学世界卫生组织生殖健康和人口科学合作中心医学临床基地”，这是目前国内惟一由WHO批准的医学临床基地。中国政府和世界卫生组织在2012-2013年与北大人口所合作开展“未婚流动青少年生殖健康服务利用的支持环境优先改善策略研究”，进一步推进北京大学人口研究所在中国青少年生殖健康领域开创性的调查和研究。2013-2017周期，世界卫生组织将在生殖、性别与健康公平等优先领域支持郑晓瑛教授团队的人口健康交叉科学研究。
