近5年人口所共获得省部级以上奖项20项，获得北京大学文科科学研究奖项6项。每个教员都获得过多项省部级以上的科研奖励，发挥了较好的社会效益，并扩大社会影响。
2001年郑晓瑛教授获得获国家杰出青年科学基金，这是我国人口科学研究中首次获得。
任强获美国儿科科学学会2003年度颁发的美国儿科科学学会杰出成就奖，以表彰在儿童健康（尤其是碘缺乏病）方面开创性的研究成果。
2006年，人口所“中国人口出生缺陷干预工程总体计划”获全国人口和计划生育软科学奖二等奖 ，“中国人口出生缺陷干预的国家战略框架和实施方案”获教育部“高等学校科学技术奖”科技进步奖二等奖。
2007年陈功博士获得国务院颁发的第二次全国残疾人抽样调查全国先进个人奖励。
2008年郑晓瑛教授获得由世界卫生组织、联合国计划发展署、世界银行、联合国人口基金人类生殖特别规划署和世界卫生组织生殖健康部联合颁发特别贡献奖，表彰其2001-2008年作为世界卫生组织亚太地区生殖健康指导委员会中国委员期间在生殖健康领域做出的突出贡献。
